Celem Porozumienia jest zapewnienie skutecznej realizacji zadań wynikających z ustawy z dnia 8 marca 2013 r. o środkach ochrony roślin (Dz. U. poz. 455, z późn. zm.), w szczególności zadań wynikających z egzekwowania przez Służbę Celną rozwiązań w zakresie przywozu z państw trzecich środków ochrony roślin.

Porozumienie, ma służyć ponadto określeniu ram współpracy obu instytucji w szczególności w obszarze działań podejmowanych w celu przeciwdziałania nielegalnemu przywozowi na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej środków ochrony roślin, w tym środków nielegalnych i podrobionych.